VP1 sequencing

The scientific paper below describes the protocol used at the WRLFMD to sequence the VP1 gene of foot-and-mouth disease virus (FMDV). The sequences obtained from this can then be used for phylogentic analysis.
This information is used by WRLFMD to generate genotyping reports when samples are received for diagnostic testing.
Genotyping (and other testing) reports FMDV prototype strains at foot-and-mouth.org


VP1 sequencing protocol for foot-and-mouth disease virus molecular epidemiology

Knowles NJ, Wadsworth J, Bachanek-Bankowska K & King DP
Revue scientifique et technique (International Office of Epizootics) (2016) 35(3):741-755.

Knowles et al., 2016

Abstract:

Nucleotide sequences of field strains of foot-and-mouth disease virus (FMDV) contribute to our understanding of the distribution and evolution of viral lineages that circulate in different regions of the world. This paper outlines a practical reverse-transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) and sequencing strategy that can be used to generate RNA sequences encoding the VP1 (1D) region of FMDV. The protocol contains a panel of PCR and sequencing primers that can be selected to characterise genetically diverse isolates representing all seven FMDV serotypes. A list of sequences is also described, comprising prototype sequences for all proposed FMDV topotypes, in order to provide a framework for phylogenetic analysis. The technical details and prototype sequences provided in this paper can be employed by FMD Reference Laboratories and others in an approach to harmonise the molecular epidemiology of FMDV.

Les séquences de nucléotides des souches de terrain du virus de la fièvre aphteuse nous aident à comprendre la distribution et l’évolution des lignées virales présentes dans les différentes régions du monde. Les auteurs décrivent les grandes lignes d’un protocole pratique, basé sur l’amplification en chaîne par polymérase couplée à une transcription inverse (RT-PCR) et sur le séquençage, qui peut être utilisé pour générer des séquences d’ARN codant pour la région VP1 (1D) du virus de la fièvre aphteuse. Le protocole permet de procéder à une sélection parmi un panel de PCR et de marqueurs de séquençage dans le but de caractériser les gènes de divers isolats représentant les sept sérotypes du virus de la fièvre aphteuse. Les auteurs décrivent également une liste de séquences pouvant servir de cadre à l’analyse phylogénétique, dont des séquences prototypes pour tous les topotypes proposés du virus de la fièvre aphteuse. Les données techniques détaillées et les séquences prototypes fournies par les auteurs peuvent être utilisées par les Laboratoires de référence pour la fièvre aphteuse et d’autres institutions, en vue d’harmoniser l’épidémiologie moléculaire du virus de la fièvre aphteuse.

Las secuencias nucleotídicas de las cepas salvajes del virus de la fiebre aftosa nos ayudan a entender la distribución y evolución de los linajes víricos circulantes en distintas regiones del mundo. Los autores exponen sucintamente un práctico procedimiento de reacción en cadena de la polimerasa acoplada a transcripción inversa (RT-PCR) y de secuenciación que se puede utilizar para generar secuencias de ARN que codifican la región VP1 (1D) del virus de la fiebre aftosa. El protocolo ofrece la posibilidad de elegir entre todo un repertorio de cebadores de PCR y de secuenciación en el que están representados los siete serotipos víricos existentes con objeto de caracterizar genéticamente diversas cepas aisladas sobre el terreno. Los autores también presentan una lista de secuencias que comprende secuencias prototípicas de todos los topotipos propuestos del virus, a fin de proporcionar un marco de referencia para el análisis filogenético. Los laboratorios de referencia para la fiebre aftosa, así como otros establecimientos, pueden servirse de las detalladas técnicas y las secuencias prototípicas aquí presentadas para armonizar el estudio de la epidemiología molecular del virus de la fiebre aftosa.

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